ChIP-Exo-Seq

Validierte Antikörper von Atlas Antibodies

Die ChIP-ExoSeq-Technologie verbessert die ChIP- und ChIP-Seq-Methoden durch eine höhere Auflösung und Spezifität. Viele im Handel erhältliche Antikörper weisen jedoch eine schlechte Performance auf.

Unser Partner Atlas Antibodies setzt neue Maßstäbe für die Leistung von Antikörpern in ChIP-Assays. Mit einer Validierungserfolgsquote von 50 %, mehr als doppelt so hoch wie der Branchendurchschnitt, weisen die ChIP-zertifizierten HPA-Polyklonalen von Atlas Antibodies eine außergewöhnliche Spezifität und Reproduzierbarkeit in ChIP-Exo-Seq-Assays auf. Dies gewährleistet eine schärfere, genauere Peak-Erkennung und die Identifizierung exakter Protein-DNA-Bindungsstellen.

 

ChIP-Exo-Seq: ChIP-Assays der nächsten Generation

ChIP-Exo-Seq steht für Chromatin-Immunpräzipitation (Chromatin Immunoprecipitation, ChIP) in Verbindung mit Exonuklease-Verdau (Exo) und Hochdurchsatz-Sequenzierung (NGS, Seq). Diese Technologie ist eine Weiterentwicklung der ChIP- und ChIP-Seq-Methoden und bietet eine überlegene Auflösung und Spezifität, indem sie den Exonuklease-Verdau einbezieht, um Proteinbindungsstellen auf das exakte Basenpaar (1 bp) genau zu lokalisieren.

Die ChIP-Exo-Seq-Validierung liefert einen detaillierten Überblick über Protein-DNA-Wechselwirkungen und ermöglicht präzise Einblicke auf der Ebene einzelner Basenpaare. ChIP-Exo-Seq bietet im Vergleich zu ChIP und ChIP-Seq eine höhere Auflösung und Strangspezifität und reduziert gleichzeitig das Hintergrundrauschen, wodurch Protein-DNA-Wechselwirkungen genauer kartiert werden können.

Vorteile von ChIP-Exo-Seq gegenüber herkömmlichen ChIP- und CUT&RUN/TAG-Assays

• Höhere Auflösung: ChIP-Exo-Seq erreicht eine Auflösung der Protein-DNA-Wechselwirkungen, die nahezu einer einzelnen Base entspricht, während andere Assays in der Regel größere Regionen identifizieren.
• Reduziertes Rauschen: Durch Exonuklease-Trimming wird Hintergrund-DNA eliminiert, die nicht direkt durch das Protein geschützt ist, wodurch falsch-positive Ergebnisse reduziert werden.
• Präzise Lokalisierung von Bindungsstellen: Die scharfen Peaks von ChIP-Exo-Seq ermöglichen eine genauere Kartierung von Transkriptionsfaktor-Bindungsstellen oder anderen Protein-DNA-Wechselwirkungen.
• Höhere Zuverlässigkeit, insbesondere bei „schwierigen“ Zielmolekülen.

 

Der Erfolg von ChIP-Assays hängt von der Qualität der für die Immunpräzipitation verwendeten Primärantikörper ab. ChIP stützt sich auf Antikörper, um DNA-Fragmente, die an ein bestimmtes Protein (z. B. Transkriptionsfaktor, Histonmodifikation) gebunden sind, selektiv anzureichern. Primärantikörper müssen mit hoher Spezifität und Affinität binden, um zu vermeiden, dass nicht verwandte Proteine oder DNA mitgerissen werden, was zu falsch positiven Ergebnissen oder Hintergrundrauschen führen kann. Schlecht validierte Antikörper können zu nicht reproduzierbaren Ergebnissen führen und die nachgelagerte Analyse wie Motif Discovery oder Peak Calling beeinträchtigen.

 

Hochwertige Antikörper für ChIP-Anwendungen von Atlas Antibodies

Atlas Antibodies ist führend in der Chromatinforschung und bietet ein umfassendes Portfolio an hochwertigen, streng validierten Antikörpern, die speziell für ChIP-Exo-Seq-Anwendungen entwickelt wurden. Da die epigenetische Forschung immer höhere Präzision erfordert, wird die Zuverlässigkeit der in ChIP-basierten Assays verwendeten Antikörper zu einem entscheidenden Faktor für die Genauigkeit der Daten. Um diesem Anspruch gerecht zu werden, hat Atlas Antibodies eine Reihe von Antikörpern entwickelt und validiert, die speziell für die hochauflösende Chromatin-Kartierung optimiert sind und robuste und reproduzierbare Ergebnisse gewährleisten.

Durch die kontinuierliche Zusammenarbeit mit Dr. Frank Pugh, einem Pionier der ChIP-Technologie, spielt Atlas Antibodies eine zentrale Rolle bei der Weiterentwicklung der ChIP-Exo-Seq-Methoden. Die Partnerschaft mit Dr. Pugh hat es Atlas Antibodies ermöglicht, die Spezifität und Leistung der Antikörper speziell für ChIP-Exo-Seq-Anwendungen zu optimieren. Diese Zusammenarbeit hat zur Validierung eines umfangreichen Katalogs von Antikörpern mit verbesserter Auflösung und Reproduzierbarkeit geführt, wodurch kritische Herausforderungen bei Chromatin-Immunpräzipitationstechniken angegangen werden konnten.

Diese Antikörper sind in unserem Webshop als „ChIP certified” gekennzeichnet.

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